在东京西部的一个庞大的“学园都市”中，居民总数达230万，其中约80%是学生。这座城市实行一项特殊的教育制度，让学生们开发超能力，并对其能力进行六个等级的评定，从“无能力”到“超能力”。高中生上条当麻也是这里的学生之一，他的右手藏有一股强大的力量——“幻想杀手”，能够消除一切超自然能力，甚至连神的庇佑都无法避开这一招，因而被认为是“无能力”者，生活充满了不幸。然而，上条的生活在暑假伊始发生了巨大变化，一位神秘的纯白修女从天而降。这位修女名叫“禁书目录”茵蒂克丝，来自一个魔法世界，天外飞来的她让上条卷入了各种复杂事件。从与她相遇开始，他被牵扯进了“科学”与“魔法”两个对立阵营之间的纷争中。科学的管理者们和魔法世界的十字教会逐渐关注到他的存在，并在解决各自的危机的同时，上条的人际关系也在不断扩大。这段剧情展现了一个平凡少年在超自然与魔法交织的世界中逐步成长的过程，融合了动作、奇幻与校园元素，既紧凑又充满悬念。影片巧妙地平衡了超能力的激烈场面与人物之间的情感线，让观众在激烈的战斗中也能感受到角色的成长与内心的变化。这部作品成功地塑造了一个充满冲突与奇迹的多维度世界，将科幻与奇幻完美融合，展现了少年在巨大压力下的坚韧与勇气。剧情紧凑，人物鲜明，既有扣人心弦的战斗场面，也有细腻的情感描写，是一部令人难以忘怀的精彩动画。