柯南和小五郎率领着一支队伍，来到太平洋中的一座美丽小岛“神海岛”度假。这座岛屿自古以来就有流传，传说中附近海底沉没着古代遗迹“海底宫殿”，以及300年前两名女海盗留下的宝藏传说。不畏传闻的小兰和园子在潜水探索“海底宫殿”附近时，意外遭遇了一群正在搜寻宝藏的猎人。可惜其中一人突然遭到鲨鱼袭击，不幸身亡！小兰和园子侥幸逃脱，柯南在看到猎人离奇死状后，与灰原展开调查。柯南怀疑猎人的死与宝藏传说有着密切关系，他试图揭开背后的真相。“海底宫殿”的谜团一直萦绕在他的脑海中。他发现了一个神秘的名词“Jolly Roger（海盗旗）”，希望有所突破，但猎人却突然出现，偷走了之前找到的宝藏！小兰和园子被困在猎人的控制下，生命岌岌可危！隐藏在传说中的信息是什么？“海底宫殿”究竟藏着什么秘密？柯南决心逐步解开这一切，解开穿越300年时光的谜题。《柯南》系列在这次“神海岛”事件中展现出了悬疑、冒险的剧情，将观众带入了一个充满谜团和危险的世界。故事紧凑、情节跌宕起伏，让观众跟随着柯南一同寻找答案，深陷于神秘事件的解谜之中。精彩纷呈的情节和反转让人心跳加速，紧张刺激的氛围贯穿始终，为观众呈现了一场扣人心弦的探险旅程。