一个新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼即将举行开幕典礼，柯南、灰原与其他侦探们也受邀参加。在典礼上，他们认识了画富士山闻名的如月峰水、市议员大木岩松、设计者风间英彦等人。然而，典礼进行中，大木岩松突然被害身亡。随后，另一位与大木岩松有瓜葛的天才程序员原也遭遇不测。两起案件都留下了与画家常用的乳钵相似的小酒杯碎片，引发柯南的警觉。柯南开始调查，并注意到灰原的异常举动，同时发现案件中的线索似乎与她以前的身份有所关联。而在追踪灰原的过程中，柯南不仅揭开了她异常举动的原因，还意外发现了一连串的阴谋。与此同时，园子因着追逐发生的一系列误会，被误认为是另一名关键人物，使得事情变得更加扑朔迷离。本片在展现它的精致煎熬和紧凑推理的同时，也在人物心理刻画上更加深入，柯南与团队的默契配合与聪明才智再次展现出色，让观众一次次被吸引进这场充满谜团的故事中。触目惊心的案件、扣人心弦的推理，以及令人猜想不已的人物关系交织在一起，构成了一个令人回味无穷的故事。