京都、大阪、京都发生三起杀人案，每次案件中都有五名死者被戴着面具的黑影人用武士刀和弓箭迅速杀害。警方介入调查后发现，所有遇害者都是“源氏萤”这个专门盗取名画和佛像的团伙的成员。这个团伙共有八名成员，他们相互间用义经故事中的家臣名字来称呼，每人手中都有一本《义经记》，而被害者手中的《义经记》都被带走了。某天，京都的古寺山能寺收到一封奇怪的信，信中提到如果能解开附在信里的画谜，就能找到八年前被盗走的如来佛像。柯南、小兰和毛利小五郎一起来到寺庙，尝试解开这个谜团，但却束手无策。曾经对比新一不遑多让的大阪高中生服部平次也前来京都，照料过其中一名被害者，并在调查案件的同时，寻找他的初恋情人。柯南和服部在调查中相遇，联手揭开谜团，发现有人想置服部于死地，而随后“源氏萤”的另一名成员也遭到袭击，所有这一切似乎都与画谜有关。影评：这一部剧情扑朔迷离，扣人心弦。调查团队在追查凶手的同时，还要解开谜团，让整个故事更加紧凑刺激。角色之间的关系错综复杂，每个人物都有着自己的秘密和过往，为观众呈现了一个扣人心弦的谍战推理剧。