1991年6月29日（土）に東宝系で公開された作品で、TV版のラストから3年後のストーリーが描かれています。登場人物は、ナディア、ジャン、グランディス、サンソン、ハンソンの5人のみが続投し、他のノーチラス号の乗組員たちが登場することはありません。マリーやキング、エアトン、エレクトラなどは、ナディアの回想シーン以外では姿を現しません。映画の序盤では、テレビ版の作画を流用した30分ほどの回想シーンが断続的に描かれます。しかし、テレビ版最終回で明らかになったエレクトラとネモ船長の子供たちもこの作品では登場しません。最初はガイナックスが制作する予定でしたが、監督の庵野秀明がテレビ版で全力を尽くしたため、今作の監督には就かずました。そのため、ガイナックスはプロットとキャラクターデザインを手掛けたものの、予算が底をつき、残りの制作はグループ・タックに引き継がれました。ガイナックスはプロットやデザイン作業に加えて、劇中でテレビ版のダイジェスト映像の編集のみを担当しました。こうしたトラブルが作品に影響を与えることとなりました。影评：这部作品延续了《名侦探柯南》的经典故事，但由于制作过程中发生的一系列问题，导致影片在故事连贯性和角色塑造上显得有些薄弱。尽管仍有一些精彩的回忆片段，但整体来说，缺少了一些原作的魅力。观众可能会感觉有些失望，但对于忠实粉丝来说，这部作品也算是值得一看的延续之作。